Le Conseil d’État a demandé au Ministère d’appliquer strictement le décret de 1982 relatif à la composition des commissions administratives paritaires (CAP) au sein de la Fonction Publique et de sortir les CPE du système dérogatoire du décret de 1984 concernant les CAP de certains personnels enseignants. Les compositions des CAP CPE sont donc modifiées et publiées dans l’arrêté du 22 mai 2018.
Commission administrative nationale : CAPN
La composition de la CAPN CPE est de :
- pour la classe exceptionnelle : 2 titulaires – 2 suppléants
- pour la hors classe : 2 titulaires – 3 suppléants
- pour la classe normale : 4 titulaires – 4 suppléants
Les commissions administratives paritaires académiques : CAPA 
La CAPA s’organise elle aussi en grades.
Selon le décret de 1982, concernant la composition des commissions paritaires pour la Fonction Publique, les CAPA de CPE relèvent désormais des règles suivantes :
- lorsque le nombre de fonctionnaires d’un même grade est inférieur à cent, le nombre de représentants du personnel pour ce grade est de un membre titulaire et de un membre suppléant ;
- lorsque le nombre de fonctionnaires d’un même grade est supérieur ou égal à cent et inférieur à mille, le nombre de représentants du personnel pour ce grade est de deux membres titulaires et de deux membres suppléants.
Il est à noter que les nouvelles règles imposent une proportion genrée aux listes que les organisations syndicales déposent en vue des élections professionnelles. Cette proportion est appréciée pour chaque corps, au niveau national, et au niveau de chaque académie.